Theo nguồn tin chính thức từ chính phủ Hoa Kỳ, vụ tấn công 11 tháng 9 là phù hợp với những gì Al-Qaeda tự nhận là sứ mạng của mình. Al-Qaeda bị nghi ngờ dính líu vào những vụ đánh bom các sứ quán Mỹ tại Kenya và Tanzania, tổ chức này cũng nhận trách nhiệm vụ tấn công khu trục hạm USS Cole của Hải quân Hoa Kỳ tại Yemen năm 2000.

Theo Hoa Kỳ, sự kiện 11/9 là một phần trong kế hoạch "giết người Mỹ ở tất cả những nơi nào trên thế giới có thể" mà bin Laden đưa ra. Chiến dịch khủng bố này lợi dụng niềm tin tôn giáo và khởi phát từ một giáo lệnh (fatwa) ban hành năm 1998 bởi bin Laden, Ayman al-Zawahiri, Abu-Yasir Rifa’i Ahmad Taha, Shaykh Mir Hamzah, và Fazlur Rahman.[127][128][129] Giáo lệnh này mở đầu với phần trích dẫn kinh Koran, "hãy giết những kẻ ngoại giáo bất cứ nơi nào ngươi tìm thấy chúng", và đi đến kết luận "nghĩa vụ của mỗi người Hồi giáo" là "giết người Mỹ ở khắp mọi nơi.".[127] Họ cáo buộc Hoa Kỳ:

• Bóc lột nguồn tài nguyên vùng bán đảo Ả Rập.
• Lũng đoạn nền chính trị của các quốc gia trong vùng.
• Ủng hộ những chế độ và các vương triều bóc lột người dân trong khu vực Trung Đông, tức là áp bức nhân dân.
• Đặt các căn cứ quân sự tại bán đảo Ả Rập, tức là xâm phạm đất thánh của người Hồi giáo, nhằm mục tiêu đe doạ các nước Hồi giáo láng giềng.
• Âm mưu tạo mối bất hoà giữa các quốc gia Hồi giáo để làm suy yếu sức mạnh chính trị của khối này.
• Ủng hộ Israel và nỗ lực hướng sự quan tâm của quốc tế khỏi việc chiếm đóng Palestine.

Cuộc chiến Vùng Vịnh, kế đó là lệnh cấm vận và các vụ oanh tạc Iraq thực hiện bởi Hoa Kỳ, gần đây được trích dẫn như là chứng cớ cho những cáo buộc của bản giáo lệnh. Ngược lại với thái độ bất đồng của những người Hồi giáo ôn hoà, giáo lệnh này sử dụng các văn bản Hồi giáo nhằm biện minh cho những hành động bạo lực chống lại quân đội và công dân Mỹ cho đến khi tình hình được thay đổi: tuyên bố rằng "toàn thể chức sắc suốt trong dòng lịch sử Hồi giáo hoàn toàn đồng ý rằng thánh chiến (jihad) là bổn phận của mỗi cá nhân khi kẻ thù tìm cách hủy diệt các quốc gia Hồi giáo".

Những thông báo của Al-Qaeda ghi nhận được từ sau 11 tháng 9 hỗ trợ cho sự suy đoán này. Trong một băng video năm 2004, bin Laden rõ ràng là thừa nhận trách nhiệm trong vụ tấn công và nói rằng những hành động này là để "phục hồi sự tự do cho dân tộc chúng ta", để "trừng phạt kẻ xâm lược" và để phá hoại nền kinh tế nước Mỹ. bin Laden tuyên bố rằng mục tiêu kéo dài của cuộc thánh chiến là "làm chảy máu nước Mỹ đến khi nước này kiệt sức".

Cả Hoa Kỳ và Al-Qaeda đều cố trình bày cuộc tranh chấp này là cuộc chiến giữa Thiện và Ác.

Bản báo cáo của Ủy ban 9/11 khẳng định rằng thái độ thù nghịch của Khalid Shaikh Mohamed, người được xem là "kiến trúc sư trưởng" của vụ tấn công 9/11, xuất phát từ "sự bất đồng dữ dội với chính sách ngoại giao của Hoa Kỳ ủng hộ Israel". Động cơ tương tự cũng được quy cho tên không tặc lái máy bay đâm vào toà tháp đôi WTC: Mohamed Atta được miêu tả bởi Ralph Bodenstein – người từng du hành, làm việc và nói chuyện với anh ta – như là "hoàn toàn tin rằng Hoa Kỳ muốn bảo vệ Israel".

Tuy nhiên, giáo lệnh năm 1998 của bin Laden được ban hành vào thời điểm ra đời thoả hiệp Oslo về Israel và Palestine, khi các bên tin rằng cuộc tranh chấp đang đến lúc chấm dứt bằng các thỏa hiệp.

Ngược lại, chính phủ Bush cho rằng Al-Qaeda bị thúc đẩy bởi lòng căm thù tinh thần tự do và dân chủ thể hiện bởi nước Mỹ, trong khi những nhà phân tích độc lập cho rằng động cơ chính của Al-Qaeda là khuyến khích tinh thần đoàn kết Hồi giáo bằng cách tập chú vào một kẻ thù chung, như thế về lâu về dài giúp dọn đường cho sự hình thành một trật tự thế giới mới theo cung cách Hồi giáo quá khích.